| 导读 | nano类似于Windows下记事本的功能，nano filename就可以新建一个文件，并在里面写内容；ctrl+x退出，根据提示按Y保存。 |
nano类似于Windows下记事本的功能，nano filename就可以新建一个文件，并在里面写内容；ctrl+x退出，根据提示按Y保存。
vim 功能更强大的文本编辑器。vim filename就可以新建一个文件, 敲击键盘字母i，进入写作模式。写完后，敲击键盘Esc, 退出写作模式，然后输入:w (会显示在屏幕左下角)，回车保存。vim的常用方法，以后会单写一个，这里点到为止。
常用的文件操作有移动文件到另一个文件夹、复制文件到另一个文件夹、文件重命名等。
cp (copy): 拷贝文件或文件夹 (cp -r 拷贝文件夹时的参数，递归拷贝)
# 列出当前目录下有的文件和文件夹 ct@ehbio:~$ ls data # 新建一个文件夹 ct@ehbio:~$ mkdir ehbio_project # 列出当前目录下有的文件和文件夹, 及其子文件夹的内容 # data目录下有一个文件，ehbio_project目录下无文件 ct@ehbio:~$ ls * data: test.fa ehbio_project: # 拷贝data目录下的文件test.fa到ehbio_project目录下 ct@ehbio:~$ cp data/test.fa ehbio_project/ # 列出当前目录下有的文件和文件夹, 及其子文件夹的内容 # data目录下有一个文件，ehbio_project目录下无文件 ct@ehbio:~$ ls * data: test.fa ehbio_project: test.fa
# 重命名data目录下的文件test.fa为first.fa
# mv除了可以移动文件，也可以做单个文件的重命名
ct@ehbio:~$ mv data/test.fa data/first.fa
# 列出当前目录下有的文件和文件夹, 及其子文件夹的内容
ct@ehbio:~$ ls *
data:
first.fa
ehbio_project:
test.fa
# 进入另一个目录 ct@ehbio:~$ cd ehbio_project/ ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls test.fa # 给文件做一份拷贝 ct@ehbio:~/ehbio_project$ cp test.fa second.fa ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls second.fa test.fa # 给文件多拷贝几次，无聊的操作，就是为了给rename提供发挥作用的机会 ct@ehbio:~/ehbio_project$ cp test.fa test2.fa ct@ehbio:~/ehbio_project$ cp test.fa test3.fa ct@ehbio:~/ehbio_project$ cp test.fa test4.fa # cp 后面需要2个参数，被拷贝的文件和要被拷贝到的目录或文件 # 出现下面的错误，表示缺少目标路径或文件 ct@ehbio:~/ehbio_project$ cp ehbio.fa
Try 'cp --help' for more information. ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls second.fa test2.fa test3.fa test4.fa test.fa # 用rename进行文件批量重命名 ct@ehbio:~/ehbio_project$ rename 'test' 'ehbio' test*.fa ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls ehbio2.fa ehbio3.fa ehbio4.fa ehbio.fa second.fa ln (link): 给文件建立快捷方式 (ln -s source_file target 创建软连接)。
在建立软连接时，原文件要使用全路径。全路径指以/开头的路径。
建立软连接，是为了在不增加硬盘存储的情况下，简化文件访问方式的一个办法。把其它文件夹下的文件链接到当前目录，使用时只需要写文件的名字就可以了，不需要再写长串的目录了。
../: 表示上一层目录；../../: 表示上面两层目录
pwd (print current/working directory): 输出当前所在的目录
\为键盘Esc下第一个按键 (与家目录~`符号同一个键)，写在反引号内的会被运行，运行结果会放置在反引号所在的位置
# 建立软连接，把当前目录下的ehbio2.fa，链接到上一层目录的data下面 # 这是一个无效的软连接， ct@ehbio:~/ehbio_project$ ln -s ehbio2.fa ../data # 在使用ls查看时，无效的软连接的文件名下面是黑色的背景。 ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls -l ../data/ 总用量 4 lrwxrwxrwx 1 ct ct 9 6月 9 17:55 ehbio2.fa -> ehbio2.fa -rw-rw-r-- 1 ct ct 284 6月 8 14:48 first.fa # 输出当前所在的目录 ct@ehbio:~/ehbio_project$ pwd /home/ct/ehbio_project # 建立软连接时，原始文件一定使用全路径。全路径指以/开头的路径。 ct@ehbio:~/ehbio_project$ ln -s /home/ct/ehbio_project/ehbio2.fa ../data ln: 无法创建符号链接" ../data/ehbio2.fa" : 文件已存在 # 上面的错误信息时，已经存在这么一个链接了（虽然是无效的），但再建新的链接时还会提示 # 使用`-f` (force)强制覆盖已有的链接 ct@ehbio:~/ehbio_project$ ln -fs `pwd`/ehbio2.fa ../data # 再次查看时，就正常了。文件名下面没有了背景色，并且有个右箭头指向原始文件 # `lrwxrwxrwx`中的`l`表示软连接。 ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls -l ../data/ 总用量 4 lrwxrwxrwx 1 ct ct 32 6月 9 17:56 ehbio2.fa -> /home/ct/ehbio_project/ehbio2.fa -rw-rw-r-- 1 ct ct 284 6月 8 14:48 first.fa # 通常为了简化写法，使用`pwd`代替全路径 # `为键盘Esc下面的按键，写在反引号内的会被运行，运行结果会放置在反引号所在的位置 ct@ehbio:~/ehbio_project$ ln -s `pwd`/ehbio2.fa ../data ln: 无法创建符号链接" ../data/ehbio2.fa" : 文件已存在 ct@ehbio:~/ehbio_project$ ln -fs `pwd`/ehbio2.fa ../data ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls -l ../data/ 总用量 4 lrwxrwxrwx 1 ct ct 32 6月 9 17:56 ehbio2.fa -> /home/ct/ehbio_project/ehbio2.fa -rw-rw-r-- 1 ct ct 284 6月 8 14:48 first.fa
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